Hamilelikte azalan savunma sistemi, enfeksiyonlara yatkınlığı arttırır. Virüsler antibiyotikle ölmezler. Grip gibi viral enfeksiyonların tedavisinde bu yüzden antibiyotik kullanımı gerekmez. Grip olarak başlayan enfeksiyon uzarsa bakteri eklenebilir. Bu durumda antibiyotik kullanmak şart olur.
Gebelikte antibiyotiğin bebeğe zarar vereceği düşüncesi yanlıştır. Aksine gerekli hallerde kullanılmayan antibiyotikler sonucu erken doğum veya suyun gelmesi gibi enfeksiyona bağlı hasarlar oluşabilir.